En Junio de 2000, se modificó el Programa Maestro que la API había presentado originalmente dado que habían transcurrido cinco años y conforme a la cláusula NOVENA Capítulo III del Título de Concesión se requirió su actualización.

El programa 2000-2005 considera acciones como ganar terrenos al mar, declara zonas de desarrollo portuario superficies donde no es posible hacerlo, adquisición de terrenos los cuales no pueden ser utilizados para fines portuarios, la zonificación de los desarrollos del puerto cuando es el caso que por las dimensiones y características de operación del Puerto se requiere un proyecto integral, entre otras.

Por otro lado el mencionado programa fue un poco asertivo en su pronóstico de crecimiento del mercado de los cruceros internacionales, y de las dimensiones de los mismos, proponiendo la creación de infraestructura para las embarcaciones locales, cuyo segmento del mercado no ha registrado un incremento sensible, en detrimento de la infraestructura necesaria para la atención de los cruceros los cuales han registrado un incremento importante en el volumen de sus visitas a Puerto Vallarta. Por lo anteriormente expuesto y por la demanda que actualmente presenta el Puerto de Vallarta por parte de los cruceros internacionales la cual es explicada en los capítulos siguientes hace necesario modificar el programa que actualmente esta vigente para poder responder de forma eficiente a la demanda de infraestructura portuaria incrementando la capacidad de recepción del mismo en beneficio de la empresa, de la región y del país.

La vigencia para el programa maestro modificado se propone sea para el periodo 2004-2009, en función de la maduración de dos proyectos clave, que se proponen y describen en el cuerpo del documento que son: la ampliación de la infraestructura portuaria y la realización de un proyecto turístico náutico y comercial en el recinto portuario.